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有一部分人认为，发生宫外孕的主要原因是胚胎无法通过某处狭窄的输卵管回到子宫腔，从而滞留在输卵管处导致了宫外孕的发生。而试管婴儿是直接将胚胎移植入子宫内，无需经过输卵管，因此不会出现宫外孕的情况。
然而，宫外孕的发生并不仅仅是输卵管问题，有一部分是子宫内膜问题导致的。
输卵管导致的宫外孕，一般是因为某一部位的物理性狭窄，更多表现为输卵管变得僵硬、输卵管内膜鞭毛蠕动异常等对输卵管功能的影响。这种变化通常是由输卵管慢性炎症引起的。长期的发炎反应会同时释放出一些发炎因子，就像诱饵一样，吸引宫腔中的胚胎转移到输卵管中。
子宫内膜导致的宫外孕，主要是因为胚胎在进入子宫内后，并不是马上就会扎根着床的，而是会不断地游动以寻找最佳的着床位置，若胚胎向输卵管方向移动，也会导致宫外孕。
所谓“试管婴儿”技术本身并不能完全避免宫外孕。但资料显示，宫外孕的发生率比正常(非试管婴儿)受孕者略低。因此，试管婴儿胚胎移植后，也要遵循医嘱回院抽血验孕，移植约4周后进行B超检查，确定胚胎的着床位置，排除宫外孕及发育情况。
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